Verifica que el dominio este funcionando correctamente con el comando CMD: dcdiag
Luego verifica con repadmin /showrepl y repadmin /replsummary que todo este replicando correctamente
Visualiza el log de eventos de tu server y verifica que no tengas problemas de SID desconocido, revisa el log de seguridad por errores
Si te esta ocurriendo esto deberias tambien tener problemas para que se apliquen las GPO a los usuarios
Stopea y luego inicia el servicio FRS y el Netlogon, limpia y guarda los 3 logs del visor de eventos (System / Application / Security ) reinicia el server y vuelvelos a revisar.
Exitos. Luego me cuentas.