Trata de hacer lo siguiente. Entra el directorio activo, selecciona las opciones avanzadas, Luego busca el usuario o usuarios que tengan problemas. Despues dale propiedades, En seguridad entra a avanzado y verifica que el Check de Herencia este habilitado, si no esta habilitalo. Si esta habilitado quitaselo y vuelvselo a poner. Me cuentas.
Si se esta masificando el error lo mas probable es que tengas fallas en el storage de tu servidor verifica eventos del servidor a nivel de sistema y determina si no encuetras errores referentes a NTFS o fallas sobre la unidad donde tengas la base de datos. Si puedes testear el disco seria lo mejor.