Hola Marti, claro que puedes tener varios clústers en un único dominio de Active Directory.
Cuando creas un clúster, básicamente en tu Active Directory se crea una cuenta de una máquina que representa al clúster como tal, esta máquina, que en realidad no existe físicamente, se conoce como "Cluster Name Object" (CNO).
Cuando estamos creando el clúster, ya sea por medio del asistente gráfico o por medio de PowerShell, debemos especificar un nombre para el clúster, si la cuenta que estamos usando cuenta con los permisos necesarios, esta cuenta se crea de manera automática con el mismo nombre del clúster.
Si quieres comprender lo más sobre el tema, mira este link: https://technet.microsoft.com/en-us/library/dn466519(v=ws.11).aspx
También puedes ver mi curso sobre Cómo Instalar un Clúster de Hyper-V