Hola Anónimo,
Cuando tienes una topología de Active Directory con varios sitios, antes de comenzar a instalar nuevos controladores de dominio en las sucursales, debes crear una representación de cada sucursal y las subredes de estas en tu Active Directory Sites and Services, de esta manera el servicio de Active Directory topology, podrá generar una topología de replicación correcta.
Por ejemplo, crea cada una de las sub-redes que tienes en tus sucursales y crea un nuevo sitio para cada sucursal como se ve en la siguiente imagen:
Luego de esto, podrás ir a una de las sucursales donde quieras instalar un nuevo controlador de dominio y realiza los siguientes pasos:
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Configura el servidor para que el DNS primario, sea la dirección IP de tu DNS que está en la sucursal principal, de esta manera podrás resolver los nombres de tu dominio desde este servidor mientras lo promueves como controlador de dominio.
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Luego, verifica que desde este nuevo servidor tengas comunicación con el controlador de dominio de la sucursal remota, esto lo puedes lograr con un Ping o con un nslookup.
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Cuando ya hayas verificado la correcta comunicación entre el nuevo servidor y el servidor remoto, ahora puedes agregar este nuevo servidor al dominio tal y como agregarías una máquina al dominio.
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Cuando el servidor sea miembro del dominio, ahora ya puedes promoverlo. Dependiendo de la versión de Windows que tengas, puede que sea mediante DCPromo o mediante el asistente.
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Cuando te pregunte que si este servidor va a ser miembro de un nuevo dominio o de un dominio existente, selecciona que será controlador de un dominio existente. La idea es que todas tus sucursales estén en el mismo dominio.
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Cuando el servidor termine el proceso y sea un controlador de dominio (verifica el visor de eventos para que estés seguro que todo está bien), puedes configurar que su DNS primario sea él mismo y que el secundario sea el controlador de dominio de la sucursal remota.
Te recomiendo también instalar el servicio de DHCP en este nuevo servidor para que tus clientes reciban la configuración TCP/IP de manera automática.
A partir de este momento puedes comenzar a unir las máquinas clientes de tu sucursal al dominio porque ya tienen un controlador de dominio local.
Cuando una máquina va a autenticarse, primero identifica cuál es el controlador de dominio más cercano (qué esté en su misma su-bred) basado en la dirección IP que tiene el cliente actualmente y así la autenticación será local para cada sucursal.
Si el cliente no pudiese conectarse con el servidor local, entonces trataría de autenticarse con un servidor que se encuentre en otra sucursal.
Básicamente los clientes de cada sucursal usarán como DNS primario el controlador de dominio local y como secundario puedes configurar que usen uno de los controladores de dominio de tu sucursal principal.
Luego puedes crear las políticas de Active Directory a nivel de OUs o a nivel de sitios de Active Diretory.
Espero te sirva la respuesta.