Hola amigo, hace poco tuve un esenario similar. Te comento como le hice. Inicialmente solo usaba un bd mailbox, ahora he creado varias dbs y he comenzado a migrar los buzones a las nuevas bd, ahora cuando comenzaba a eliminar y migrar los buzones por GUI la bd principal no baja su capacidad, mejor dicho se mantiene. En mi caso tuve suficiente espacio en disco para mover los buzones eran nesearios, los demás los fui eliminando, también configure los limites de retención para poder depurar los buzones sin conexión después de eliminar y mover los buzones a sus nuevas bds. También puedes defragmentar la be para ganar espacio en disco