Hola, que sistema tienes en los servidores de AD ???, si manejas 2008 puedes instalar desde politicas de directiva / politicas de maquina / instalacion de paquetes, es sumamente fácil eso si manjas msi, si manejas .exe deberas hacerlo por scrip o utilizar aplicaciones de conversion .exe a msi.
Espero haberte ayudado.