Hola, Fergdp,
No es necesario mover las PC, las politicas de default domain policy y las que crees en el root del dominio y siempre y cuando no tengas la opcion de bloquear la herencia o block inherited, se aplicaran.
Pero te recomiendo moverlas de ahi y ordenarlas en una OU te resultara mas sencillo administrarlas y sabras asi, cuando un equipo nuevo se ha unido al dominio, porque estaran en la System UO = Computers y seran pocas. Eso si, si aplicas la GPO Policy en la OU nueva, recuerda mover los equipos recien unidos a la misma. Me ha pasado olvidarme de ello....
Un saludo.