Hola Carlos,
Para crear la política ingresa a:
User Configuration->Policies->Administrative Templates->Windows Components->Remote Desktop Services->Remote Desktop Session Host->Remote Session Environment->Star a program on connection
Ingresas a la opción y activas la opción enabled
En program path and file name escribes la ruta en la que esta instalado el ejecutable ejemplo C:\Programs Files\miprograma\miprograma.exe
En Working directory escribes la carpeta donde esta instalado el ejecutable ejemplo C:\Programs Files\miprograma\
Recuerda que al ser una política "User Configuration" esta aplicara solo si la(s) OU(s) tienen usuarios dentro de ellas.
Saludos