Buenas colega,
Si el procedimiento de virtualizacion del hierro fisico al virtual lo estas realizando conforme los pesos establecidos no deberias tener ningun problema, sin embargo como paso previo a la virtualizacion realiza como dice el colega Freelance-IT una backup de tus bases de datos y tareas programadas, esta tarea debeeris realizarla fuera de produccion un fin de semana seria buenisimo debido a que el proceso de la conversion dependiendo el tamaño de la data y topologia de tu red puede tardar varias horas, la harramienta adecuada para esta conversion es vmware converter, atento a tus comentarios saludos.