Hola,
Existe un proceso sencillo el cual consta de activar la opción "circular loggin" en MMC->Organication Configuration->Mailbox->Mailbox Database->Propierties->Maintenance

Luego desmonta la base de datos
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Puedes verificar que todos los archivos *.log han sido eliminados.
Ahora, monta la base de datos nuevamente y desactiva la opción antes seleccionada con el objetivo de dejar todo como antes.
Cabe anotar que este proceso lo debes hace cuando no hayan usuarios trabajando, ojo!
Saludos.