Hola creo que de alguna manera debes tener el Directorio activo del Windows 2000 y el del 2003 relacionado. Esto a su vez como el Exchange 2003 hace una unión o relación directa con el directorio activo donde está montado te puede dar este tipo de problemas. Mas si tienes como primario el DC1 que es el de 2000; porque? porque windows 2003 es mas alto en jerarquía. Podría pasar los roles al directorio activo del windows 2003 si están en el mismo dominio y decirle que el 2003 va a ser el primario. o podrías migrar el de 2000 a 2003 si puedes.
Yo tenía que migrar a un 2003, seguí los pasos de un video de victor burgos en tooltorials y me fue muy bien y luego de que hice los pasos del FMSO y dejé el 2003 como primario la red me dejó de dar problemas.
Espero que te sirva de algo