Hola Ignacio,
Para solucionar de forma momentánea este impase, puedes crear una segunda BD y mover al menos 30%-40% de los buzones a la nueva BD.
Luego hacer la defragmentación offline en la BD vieja para poder recuperar el espacio usado.
Existen migraciones de Exchange "in place" y "side by side", las in place, se hacen en el mismo Hardware y "encima" de la versión actual de Exchange sin importar el lenguaje de la versión actual (Estas migraciones generan downtime del servicio). Las side by side, se hacen con un hardware nuevo adicional y se integran con la solución actual para evitar downtime del servicio (ambas conviven la topología de Exchange y finalmente se hace el desmonte de la versión vieja cuando todo haya sido migrado a la nueva).
Espero te sirva la información.