Bueno primero configura el servidor que esta bien como unico controlador de dominio por lo que deberas de cambiar los dns's para que sea el mismo quien resuelva, este debe (si es que ahorita no lo es) ser el controlador de dominio principal y gestionar por el momento todos los servicios, este paso resuelve el problema con las pc's aunque quizá aun así te pida reingresarlas al dominio, el segundo paso es eliminar el equipo del active directory para que puedas reingresarlo (misma situación para los pc's) y con estas acciones debes de solucionar tus probelmas, si por algún motivo no jala bien el AD y o no encuentra la información es posible que hayas cambiado la ruta de sysvol al server que se trono, en todo caso espero que tengas un respaldo y deberas de restituirlo mediante el password asignado a esta copia en el servidor principal y aplicar los pasos ya mencionados.
Nota: Los pc's pueden trabajar con un solo dns pero si no fuese el caso elimina la ip del otro server para no intenten utilizarla para resolver.
Espero esto resuelva tus problemas, si no postea otra vez para que busquemos una solución alterna