Puedes tener funcionando DCs 2000 con 2008 sin ningún problema, has como tu mismo indicas:
Agrega DCAA, promuevelo y luego le pasas los roles, luego puedes ir pasando a 2008 el resto de los DCs, no deberías de tener ningún problema, mientras tengas DCs en 2000 no subas el nivel funcional de tu dominio, una vez que todos los DCs están en 2008 puedes subirlo a 2008 si tu quieres.
Saludos