Si el servidor principal es controlador de dominio, simplemente poné un segundo controlador de dominio e instala el servicio de DNS. Las zonas integradas con AD replicarán entre estos dos servidores y tendrás redundancia.
De paso tenés también Active Directory replicado.
Si los servidores no tienen Active Directory, simplemente crea las zonas en el servidor primario y luego en el otro servidor crea zonas secundarias e indicale que las replique desde la IP del servidor primario, el servidor secundario automáticamente replicará todos los datos y vas a tener redundancia.
Configurá tu DHCP para que asigne estos dos servidores como DNS primario y DNS secundario, de esta manera si alguno falla los clientes no notarán la caída porque las consultas las resuelve el DNS secundario.
Es importante que en el servidor primario permitas transferencias de zona desde la IP del servidor secundario.
El servicio de dns esta corriendo en un w2k3, 2k8?
Esta pegado a un dominio o en grupo de trabajo?
Los pasos a seguir son los tradicionales e intuitivos, te dejo un link para 2003 en workgroup: http://www.slideshare.net/Rocinejos/servidor-dns-windows
Por si las moscas te dejo lo mismo pero con linux: http://www.slideshare.net/mobile/Rocinejos/servidor-dns-ubuntu
Acá tiene otra rosca pero animate que esta bueno.