Hola Flaviodeleon, según tengo entendido, Mikrotik no corre sobre Windows ya que usa su propio sistema operativo RouterOS, por favor corríjanme si estoy equivocado.
Si tienes un único servidor y necesitas tener Active Directory + Exchange + Mikrotik, lo mejor es que uses este servidor para instalar un servidor de virtualización.
Puedes instalar directamente Windows Server 2008 y usar el rol de Hyper-V para virtualizar el Active Directory, el Exchange Server y el Mikrotik en 3 máquinas virtulales diferentes.
También puedes usar VMWare ESXi que tiene una versión gratuita para virtualización.
En este servidor debes tener por lo menos 2 adaptadores de red, uno dedicado para la Outside del Mikrotik y la otra para compartir entre los 3 servidores a nivel interno de tu red.
Ten en cuenta que el servidor físico, debe contar con suficiente memoria para correr las máquinas virtuales de manera simultánea.