grifax21 yo siempre he configurado las conexiones terminal(incluido 2008 R2) asi: Iniciar programa: ruta del ejecutable, Iniciar en: ruta de la carpeta en la que esta el ejecutable. En tu caso seria :
Iniciar programa: C:\Program Files (x86)\Internet Explorer\iexplore.exe
Iniciar en:C:\Program Files (x86)\Internet Explorer\
Pruebalo y nos cuentas, yo siempre lo he configurado asi y me funciona perfecto.
* Es extraño que no funcione, no creo que la GPO sea el problema ya que como tu dices solo pones chrome como navegador predeterminado, igual puedes usar IE, intenta con un usuario que no lo afecte esta GPO a ver si funciona.
Tambien puedes hacer la configuracion de la conexion en el mismo "Remote Desktop Connection" en la PC de cada usuario, revisa esta respuesta.
**Que bueno que ya se soluciono, aun asi deberias de revisar por que tarda tanto tiempo en aplicar los cambios que realizas, algo no debe estar bien, solo tienes un DC o tienes mas de uno? si tienes mas de uno revisa que la replicacion sea correcta, que los DNS esten bien en la misma configuracion de DNS, DHCP y demas servidores y cosas asi ya que no es normal que dure tanto.
Edita tu pregunta, no agregues nuevas respuestas, es mucho mas facil entender tu problema sin tener que leer todas las respuestas que agregas.