Lo primero que debes hacer es declararlo Catalogo Global y pasarlo como Controlador Principal del Dominio, una vez que este habilitado es que puedes empezar a migrar al Server 2008 como controlador principal del sominio para que te migre todos los usuarios en fin todo el dominio, para llevar esta ultima migracion si lleva unos cuan pasos te pongo un ejemplo como realizarlo:
En nuestro caso tenemos creado un bosque cuyo DC (domain controller) es Windows Server 2003 R2 (W2K3R2) de 32 bits y queremos agregar al bosque existente un servidor Windows Server 2008 R2 (W2K8R2) de 64 bits.
La configuración IP del W2K3R2 es: IP: 192.168.0.1/255.255.255.0 · DNS: 127.0.0.1 y la de W2K8R2 es: IP: 192.168.0.2/255.255.255.0 · DNS: 192.168.0.1
Empezamos a preparar el bosque de W2K3R2 para poder agregar el W2K8R2. El dominio existente se llama: infodark.local
Primero nos vamos a Herramientas Administrativas / Dominios y confianzas de Active Directory.
Pulsamos con el botón derecho encima de infodark.local y pulsamos en Elevar el nivel funcional del dominio.
Tendremos que elegir el nivel funcional Windows Server 2003 y pulsar en Elevar
Nos advertirá que este cambio afecta a todo el dominio, etc., etc., y nosotros pulsaremos en Aceptar.
Ahora pulsamos con el botón derecho encima de Dominios y confianzas de Active Directory y elegimos Elevar el nivel funcionar del bosque.
Seleccionamos Windows Server 2003 y pulsamos en Elevar.
Pulsamos en Aceptar la advertencia del cambio del bosque y Aceptar de nuevo.
Ahora insertamos el CD de W2K8R2 en el servidor W2K3R2, en nuestro caso la unidad es la unidad D:\
Abrimos un cmd desde Ejecutar o pulsamos en Símbolo del sistema.
Se nos abrirá la pantalla de símbolo de sistema y escribimos: D:\
y luego: cd support\adprep
Vamos a utilizar adprep32.exe porque el W2K3R2 es de 32 bits, si hubiera sido de 64 bits, hubieramos utilizado adprep.exe.
Ejecutamos adprep32 /forestprep.
Pulsamos la tecla C y luego Enter, y comenzará a realizar el proceso de actualización del esquema.
Cuando termine y haya actualizado toda la información del bosque, escribimos adprep32 / domainprep /gpprep
Podemos, opcionalmente, habilitar la instalación de un controlador de dominio Windows Server 2008 R2 de solo lectura (RODC), por lo que tendriamos que ejecutar: adprep32 /rodcprep
Una vez se haya reiniciado W2K3R3, cambiamos a W2K8R2 y nos vamos al Administrador del Servidor / Roles y agregamos en primer lugar (por recomendación de Microsoft) el role de Servicios de domino de Active Directory.
Dime si vas entendiendo los pasos o lo quieres que te lo envie a tu direccion de correo con las imagenes paso a paso, espero por ti