ya lo he solucionado os detallo como ha sido por si sirve de ayuda para alguien....
Como ya comenté anteriormente el fallo viene por borrar en el IIs la Web Default Site, con lo que me fije en otro servidor con Exchange 2010 y fue creando un site nuevo y enlazando las aplicaciones y los directorios virtuales con todas las rutas según me fijaba en el otro servidor, como los archivos no se habían borrado todas las rutas estaban con sus datos....
Una vez creado todo el site de nuevo reinicie IIS y seguía fallando... el fallo que me daba era que no podía conectar con el sito
http://nombredelservidor.dominio.local.... entonces pensé que en algún sitio no estaba funcionando bien el IIs y efectivamente en la creación del nuevo Web Default Site los enlaces creados no apuntaban al nombredelservidor, sino a otro llamado correo.nombredelservidor.local que por desconocimiento se habrá rellenado mal.... al cambiar los enlaces del IIS sin poner nombre de host y reiniciarlo... Funciona Todo el acceso correctamente.... ¡¡¡¡¡¡¡
Muchas gracias por vuestras indicaciones... un saludo.