Estimado,
La pregunta es muy sujetiva.
Mira si solo quieres iniciar a diseñar Diagramas Topologicos, debes ver Visio.
Si lo que quieres es: tienes la Estructura de tu organizacion y sacar el Diagrama Topologico, Debes Utilizar Active Directory Topology Diagrammer.Este te sacara Diagrama de Active Directory, Exchange, entre otros.
Ahora si lo que quieres es simular Redes, lo mejor es Cisco Packet Tracer.
Saludos,