Hola Carlos, los clusters de Hyper-V requieren un almacenamiento compartido, esto con el fin de poder hacer failover.
Si ambas máquinas tienen su almacenamiento local y una de estas falla, entonces la otra no tiene acceso a la información y no puede levantar las máquinas virtuales ya que no tiene acceso a los datos.
En tu caso, puedes ver si Hyper-V replica te puede ayudar a lograr lo que deseas. Mira el siguiente artículo:
Hyper-V Replica Explained, Windows Server 2012 Style