no se sera la mejor pero asi lo tengo yo.
una carpeta por sector con su grupo de seguridad por cada una de esas carpetas y le sacas la herencia. En cada carpeta de sector sus distintas sub carpeta cada una con un sub grupo tambien sacando la herencia. Tara de no asignar permisos usando usuarios suelto, al principio se mas fácil pero cuando todo va creciendo se complica demasiado. Manejado asi de a grupos y documentando como corresponde se logra un fácil administración de permisos. Espero te sirva. Saludos.