Hola.
El licenciamiento de exchange es simple, Licencias el servidor y las cal de conexion. Solamente con licenciar el servidor puede manejar los dos dominios sin problemas.
En la empresa en la que trabajo tenemos ese escenario de dos dominios de empresas aliadas, y el licenciamiento fue pagado solo por una de ellas. Claro esta, que cuando te digo que licencias solo el servidor, depende de si instalaras todos los roles en un solo servidor. Porque puedes tener varios servidores en los que tengas cada uno de los roles, en ese caso debes comprar tantas licencias como servidores de exchange vayas a tener.
Lo del las cal, se supone que cada cuenta de correo deberia manejar una cal, pero no necesariamente debes comprar todas las cal. Ejm. Si tienes 200 cuentas, puede comprar solo 50 cal y trabajaran todas. Eventualmente puede ir comprando mas y mas hasta que finalmente tengas la cantidad necesaria para poder justificar la cantidad de cuentas de correo que tengas. Eso en el caso de que te auditen.
Saludos
Saludos