Hola, Con un DNS integrado con AD es mejor habilitarlo a nivel de zona. Si no es integrado es mejor hacerlo a nivel de server.
Dichos registros creados manualmente no se afectan, a no ser que los hallas marcado para ser borrados por inactividad cuando los creaste. Normalmente se identifican con un timeStamp con valor Satic. Pero como te digo, si lo marcaste (delete this record when it becomes stale) para ser borrado, igual se borrará en el clico configurado de aging/scavenging.