Hola, con el escenario que tienes, te recomiendo hacer primero un upgrade de Exchange como mínimo a 2007, y luego sí proceder con la migración de los controladores de dominio. El tema del catálogo global tiene cierto mal funcionamiento entre Exchange 2003 y dominio Windows 2008 o superior, se presenta mucho que al reiniciar los controladores de dominio, el Exchange pierde conectividad con el directorio activo, hasta que el servidor reiniciado suba nuevamente. Hay una gran variación en el esquema de DA en Windows 2008 R2 que Exchange 2003 no tiene o definitivamente no es compatible con todos los objetos.