Hola, en efecto es un grave error hacer dicha clonación, por que el SID podría repetirse (sino hiciste sysprep después de la clonación) y generar los problemas de replicación de DA. Lo mas importante es que identifiques en el visor de eventos si en efecto hay problemas (errors/warnings) relativos a replicación. una vez identificado esto debes des-promover dicho controlador y reinstalar el sistema operativo (o correrle un sysprep) y luego volverlo a promover. Si tiene roles asignados debes pasarlos a otro controlador mientras hacer dicha operación.
Espero te sirva la información.
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