En la consola de WSUS tienes las opciones y dentro de ellas tienes la limpieza de WSUS entre las cuales te dara varios chechkboxs seleccionables para eliminar lo que necesites, como actualizaciones obsoletas o caducadas y no requeridas por los clientes actuales y demas. Es una opcione totalmente segura. Lo unico que si no te garantizo que te libere tanto espacio, a mi lo maximo que me libero en una oportunidad fue un par de GB. Si quieres puedes optar tambien por realizar un filtro especial dentro de la consola de updates, filtrando por windows XP por ejemplo, ya obsoleto y quitar absolutamente todas las actualizaciones de ahi con la opcion, declinar updates, y luego realizas el wizard de limpieza de la base de datos que anteriormente te mencione. Y luego tambien quitarla de los productos a los cuales WSUS baja para los clientes, quitar el Windows XP, por ejemplo.
Hoy en dia todos los servers son virtualizados con VMWare o Hyper-v, si es tu caso te recomiendo mas de lo que te comente arriba, que expandas el disco del server. En el caso de que tengas un server fisico, la base de WSUS hoy en dia con XP, W7, W2k12 y etc esta pesando no menos de 80 a 90GB como mucho.
Saludos.
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