Puedes obtener una lista de los usuarios por OU y luego aplicar los límites: get-mailbox -OrganizationalUnit "ou=Gerencia,ou=Departamentos,dc=COMPANY,dc=com" | Set-Mailbox -RecipientLimits 100
Nos cuentas si te funciona.
Nota: Recuerda seleccionar la mejor respuesta de las respuestas que recibas, de esta manera apoyas a los usuarios de la comunidad.