En primer lugar y enfatizando la seguridad yo insistiria con el cliente en que al menos un DC este separado de este servidor.
Pero vamos por parte,
Con Windows Server 2012 Standard tienes el derecho de virtualizar 2 VMs y con Datacenter ilimitadas o lo que el hardware te soporte,
Con respecto al serial si puedes utilizar el mismo, no tienes mas opcion.
Con respecto a los discos lo ideal es tener un RAID1 o 10 en el OS y RAID 5 en la parte de datos, todo depende de la cantidad de discos que puedas disponer para ellos y adicionalmente al RAID5 un Hot Spare o disco de reserva. Te recomiendo utilizar los SAS y no los SAS-NL que son SAS tipo SATA no tan rapidos.
En el Servidor fisico yo solo resguardaria con windows server 2012 el system state a una unidad de red 2 veces al dia a un NAS de 1 TB
y adicionalmente haria lo mismo con la informacion de los usuarios dentro del TS o RDWeb RemoteApp o lo que vayas a utilizar, tambien al NAS. O puedes hacer como yo, que tengo una politica de redireccion de carpetas de los usuarios del TS a el DFS directamente y asi los centralizo en un solo server y los resguardo a cinta a la noche.
Esto es solo mi opinion particular, luego si quieres y puedes invertir algo de dinero tienes opciones como ArcServe y unidades de cinta LTO3 a LTO5.
Puedes utilizar tambien Veem Backup que si mal no recuerdo podes hacer backup de 2 VM completas y en caliente.
http://www.veeam.com/es/virtual-machine-backup-solution-free.html
Comparacion Free con Paga:
http://veeampdf.s3.amazonaws.com/local/veeam_backup_7_free_standard_comparison_es.pdf?AWSAccessKeyId=AKIAJI4MX44AEVG3NBLA&Expires=1381776101&Signature=R%2BU7HLiuW46vCre2LP8Kg883VwE%3D
Espero haber despejado algunas dudas.