Hola jucazaro2555,
Tendrías que hacer esto:
- Si el servidor que vas a agregar es 2008R2 no tienes que hacer ADPREP, si es un 2003(que no creo que sea tu caso) tienes que hacer ADPREP
- Promover el servidor físico como controlador de dominio adicional de tu dominio ya existente con el comando dcpromo o agregando los roles desde server manager, como tu prefieras, a como hiciste con el servidor virtual, de una vez instalas DNS y lo pones como catalogo global.
- Espera que se haga la replicacion desde el AD principal hacia el DC que acabas de promover, dale un buen tiempo para que replique todo bien, unos 30 minutos.
- Una vez que te aseguras que la replicacion esta ok tienes que despromover el servidor virtual como controlador de dominio con el comando dcpromo o quitando el rol, como tu prefieras.
- Muy importante: cuando estés despromoviendo el DC virtual no le marques la opción "este es mi ultimo controlador de dominio" ya que todavía quedan controladores de dominio en tu dominio, esperas que termine el proceso, reinicias y con eso el servidor virtual ya no sera un DC si no un servidor mas en tu infraestructura.
- Si tienes DHCP asegúrate de actualizar la ip de tu DNS adicional para que la configuración DHCP de los clientes apunte el nuevo servidor adicional y no al servidor virtual que acabas de quitar, igual con los servidores que tienen ip estática.
Editado: Para desmontar el servidor virtual solo tienes que despromoverlo y ya lo puedes apagar, las zonas DNS quedan igual no deberían de sufrir ningún cambio,Es buena practica(y necesaria) mantener respaldos del system state para respaldar tu active directory, te dejo este link en el que Victor nos explica como respaldar el system state..
En pocas palabras lo que tienes que hacer en el servidor virtual es quitarle todos los roles que tenga configurado, una vez hecho eso ya lo puedes apagar, como no es tu AD-DC, DNS, DHCP etc principal no hay problema que lo apagues.
Edita tu pregunta original y pon toda la información en un solo lugar, es mas facil darle seguimiento a tu problema, asi no tenemos que leer todos los comentarios por aparte.
Luego nos cuentas como te fue.
Saludos