Hola Juan,
Lo que debes hacer entonces como paso a seguir es:
En tu servidor que tiene la CA, abres un browser con la siguiente URL:
http://nombre_servidor/certsrv/
Aquí se desplegará una interfaz de firma de certificados web.
Haces click en Request a certificate.
Lugo click en advanced certificate request.
Luego click en Submit a certificate request by using a base-64-encoded CMC or PKCS #10 file, or submit a renewal request by using a base-64-encoded PKCS #7 file.
Saved Request
En este punto vas a pegar el contenido del CSR que obtuviste en el IIS (ojo, inicia con -----BEGIN CERTIFICATE REQUEST----- y finaliza con -----END CERTIFICATE REQUEST-----)
No debe haber nada mas en cada línea de inicio y fin para cada ítem, ni espacios en blanco.
En Certificate Template: seleccionas Web Server.
Y click en submit y listo. Certificado firmado y se despliega una ventana con opciones para descargar el certificado y guardarlo con extensión .cer.
Salvas el certificado firmado y lo llevas a tu estación de trabajo.
Abres una consola MMC.MSC
Presionas CTRL+M
Seleccionas en la lista CERTIFICADOS
Luego seleccionas cuta de equipo. Finalizar, Aceptar.
Te ubicas en la pestaña Certificados, despliegas y te ubicas en Personal-Certificados.
Click derecho en certificados, seleccionas todas las tareas y luego Importar.
Buscar el archivo que salvaste de la CA .cer y listo te debe dar un mensaje de haber sido importado correctamente.
luego de que veas el certificado instalado en la pestaña Personal-Certificados,
Le das click derecho, todas las tareas, Exportar:
Seleccionas una de las opciones que dice Exportar la clave Privada.
guardas el export con extensión .pfx y seleccionas exportar las propiedades extendidas + Incluir todos los certificados en la ruta.
El export generado aquí es el que debes Importar en el ISA de igual forma que lo hiciste en esta estación de trabajo.