Este caso es nuevo para mi, a lo que estuve investigando para instalar Windows en discos de 3 TB o que Windows reconozca discos de mas de 2 TB necesitas hacerlo en tabla de particiones GPT (GUID Partition Table)que soporta particiones de 2 TB+ y no MBR (Master Boot Record) que es la tradicional y soporta hasta 2TB, de lo contrario no te reconocerá los 3 TB, a lo que leí tiene que ser con Windows de 64 bits.
A una persona le dieron esta solución:
Click en el icono de mi pc->administrar (o manage)->administración de discos.
Seleccionas el disco de 3 tb. Y haces clic no en el disco si no en la ventaba de abajo donde dice disco (el de 3tb) seleccionas convertir a GPT.
Listo. Tendrás los 3Tb.Te dejo una imagen de muestra(a mi me sale des habilitado GTP por que no tengo disco de mas de 2 TB)
Esta solución fue propuesta en esta pagina, por si quieres leer un poco antes de tratar de hacer la conversion, también hay preguntas parecidas y con soluciones diferentes en la comunidad de Microsoft
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Saludos