1 - Puedes bajar la aplicacion de Microsoft para verificar la replicacion entre sites:
Active Directory Replication Status Tool
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=30005
2 - Realizar un backup full del system state todos los dias, de tu main site.
3 - Relizar un backup del DHCP (desde el GUI)
4 - Realiza un backup periodico del DNS (SYSTEMROOT%\system32\dns)
5 - Resguarda una copia de la CA y su private key
6 - Realiza un backup del IIS
7 - Realiza un backup del Exchange y revisa en el caso del 2010 en adelante los transaction logs para que no te llenen el disco
Exitos.