Hola,
Por los sintomas de tu AD parece estar muriendo, digamos que en coma, los pasos a seguir son estos:
-Preparar dominio y el forest en el DC actual(me imagino que lo vas a pasar de 2003 a 2008), de 2003 a 2012 no necesitas preparar el dominio ni el forest.
- Promover tu servidor nuevo como DC adicional de tu dominio actual( espero que se pueda por los problemas que presentas)
- Transferir los roles FSMO desde tu DC actual al DC nuevo(espero que se pueda, ya que tu AD actual esta casi muerto).
Migración de 2003 a 2008/R2 Parte 1 Parte 2
Migración de 2003 a 2012 Video
Por favor especifica que sistema operativo tiene tu nuevo servidor, agrega esa información en tu pregunta original, editala.
Saludos