Hola,
El SBS 2003 asi como otros SBS tiene un proceso en memoria que chequea todo el funcionamiento e integracion de los roles y servicios, si le quitas el rol de Active Directory, este permanecera activo hasta 1 semana, luego comenzara a reinicirse cada 1 hora, haciendolo inusable, te recomiento que si vas a quitarlo los roles, los separes uno en cada server y despromociones el SBS 2003, este no puede funcionar jamas como Member Server.
De hecho, con solo quitarle los roles de FSMO, tendras este problema.
Yo realice una migracion completa de SBS 2003 a 3 servers 2008 R2 (1 con SQL, 1 con AD, 1 con Exchange 2010 SP2), primero le hice un P2V con el SCVMM 2008 R2 y lo virtualice para poder utilizar el hardware donde venia instalado el SBS, luego pase las VMs a otro server con Hyper-V, coloque momentaneamente el AD como secundario, migre el exchange, migre las bases de SQL, todo esto a cada server correspondiente, y luego cuando no fue mas util el SBS, migre los roles FSMO , reinstale el hardware SBS, instale Windows Server 2008 R2 SP1 con el rol de Hyper-V y volvi a migrar las VMs. Resultado 2 servers con 2008 R2 SP1 con hyper-V preparados para formar un cluster de alta disponibilidad de Hyper-v de SQL / File Server y Exchange a nivel VM.
Si necesitas asistencia para realizar esto, te invito a visitar mi perfil de contacto: (Seccion Sobre mi)
Saludos.