Hola,
El problema no es la versión de ESXi sino la compatibilidad con la controladora de Discos.
Yo he instalado la versión 5.1 de ESXi en un HP DL350 sin problemas. El proceso de instalación solo me exigió actualizar el driver de la tarjeta de red para continuar.
Verifica esto:
Revisa que la controladora no haya agotado su batería.
Construye el Raid a través del menú de la controladora (y no desde el SmartStart) (si es el caso actualízale el firmware).
Vuelve a intentar instalar el ESXi.