La configuracion es a nivel de Organizacion, por ende la configuracion de OWA no depende de un server u otro.
Revisa que ambos IIS esten iguales, si es que tienes 2.
Configura desde el CAS server y abriendo la consola de EMC, tanto interna como externamente para que solo apunte a un sitio de IIS en las configuraciones de OAB / OWA / ActiveSync / POP / IMAP, colocales el Alias o Host (A) de por ejemplo. mail.tuempresa.com tanto interna como externamente. y Deberias tener alguno de estos registros en tu DNS. mail.tuempresa.com IP 10.10.10.1 por ejemplo.Deja que replique (15 minutos) y ve al otro exchange server 2007 y chequea que esto sea asi.
Espero haber sido claro.
Exitos, Luego me cuentas.!