Hola como estas?
Para migrar de Windows Server 2003 a 2008 tenes que hacer lo siguiente.
Instalar el equipo que va ser controlador de dominio con Windows Server 2008 (puede ser fisico o virtual), le asignas la direccion IP que creas conveniente y dejas el equipo en espera.
Desde el DVD o imagen ISO del Windows Server 2008 ejecutar el comando adprep.exe (\Sources\Adprep en 2008\Support\Adprep en 2008 R2) para extender el esquema de Active Directory, esto se debe hacer en el controlador de dominio prinicpal (PDC) o Maestrode Operaciones, si tenes un solo controlador de dominio no hay dudas que se debera hacer sobre ese, si tenes mas de un controlador de dominio para saber cual es el PDC usa el comando netdom query fsmo en el simbolo de sistema y te dira cual es el equipo que tiene asignado los roles..
Una vez que identificaste el PDC desde el simbolo de sistema y posicionado en la unidad de DVD carpeta \support\adprep o \sources\adprep ejecutas los siguiente comandos:
adprep.exe /forestprep
Si el Windows Server 2003 es x86 y el Windows Server 2008 es x64 debes utilizar el comando adprep32.exe en lugar de adprep.exe.
adprep.exe /domainprep /gpprep
Si el Windows Server 2003 es x86 y el Windows Server 2008 es x64 debes utilizar el comando adprep32.exe en lugar de adprep.exe.
adprep.exe /rodcprep
Esta linea de comando se debera ejecutar si vas a tener en tu dominio controladores de dominio de solo lectura.
Una vez realizados estos pasos el esquema de active directory queda listo para que puedas adicionar controladores de dominio con Windows Server 2008.
El paso siguiente seria ejecutar la herramienta dcpromo en el equipo en que se instalo Wnidows Server 2008, el dcpromo te va a permitir tranformar el equipo en controlador de dominio, en si es un asistente que te hace algunas preguntas relatimanete sencillas, debes tener claro el nombre del dominio y tener a mano la contraseña del usuario Administrador.
En un punto del dcpromo te va a proponer configurar el servidor como DNS y como Catalogo Global, yo personalmente no usaria DNS en un controlador de dominio pero eso ya es algo que debes determinar vos de acuerdo a la infraestructura de tu dominio, por otro lado siempre que adiciones un controlador de dominio hacelo Catalogo Global, nunca esta demas, sobre todo su tenes Exchange o si pensas tenerlo, una vez completado el asistente te pedira que reinicies el equipo y listo, el equipo ya es controlador de dominio.
Si tu intencion es bajar el Windows Server 2003, antes de hacerlo deberas transferir los roles al controlador de dominio con Windows Server 2008, para ello deberas utilizar el ntdsutil, te dejo el link al sitio de Microsoft donde explica como hacerlo http://support.microsoft.com/kb/255504/es
Tambien deberias transferir todos los servicios que tenes corriendo en el controlador de dominio con Windows Server 2003, DNS, DHCP, WINS, etc.
Por ultimo deberas decomizar los servidores con Windows Server 2003, en los controladores de dominio ejecutas en el simbolo de sistma el dcpromo y luego de una serie de preguntas te realiza el proceso y te pide reiniciar el equipo, luego de eso el equipo queda como servidor miembro y no es mas controlador de dominio.
Esto es a grandes rasgos lo que se deberia hacer, en realidad se necesita mas informacion para realizar un procedimiento que se ajuste a lo que vos tenes, no nos diste informacion de como tenes el dominio, etc pero asi y todo esta sería la manera de hacerlo, espero te sirva cualquier pregunta aca estamos.
Saludos, Gastón.