Entiendo tienes 2 servidores:
	Si es por una cuestion de licenciamiento es preferible gastar un poco mas a que las cosa se complique luego.
	Bajo mi punto de vista tiene 3 alternativas:
	(Recuerda que si al Hyper V le sumas roles ya no tiene 2 o 4 Instancias virtuales segun sea enterprise o Standar, bajo el punto de vista de licenciamiento)
	Caso A: Cantidad de licencias 2 Windows Server / 1 Exchange
	  Server # 1: Domain Controler Fisico / Hyper-V Host Virtualizando exchange
	  Server # 2: Domain Controler de resguardo
	Caso B:
	  Server # 1: Exchange Server - Hyper-V Host Virtualizando domain Controller Secundario
	  Server # 2: Domain Controler de Principal
	Caso C: (No recomandable, el que intentas realizar)
	  Server # 1: Domain Controler Fisico / Exchange Server (Caos en Active Directory - Expones la seguridad)
	  Server # 2: Domain Controler de resguardo
	Exitos.