Entiendo tienes 2 servidores:
Si es por una cuestion de licenciamiento es preferible gastar un poco mas a que las cosa se complique luego.
Bajo mi punto de vista tiene 3 alternativas:
(Recuerda que si al Hyper V le sumas roles ya no tiene 2 o 4 Instancias virtuales segun sea enterprise o Standar, bajo el punto de vista de licenciamiento)
Caso A: Cantidad de licencias 2 Windows Server / 1 Exchange
Server # 1: Domain Controler Fisico / Hyper-V Host Virtualizando exchange
Server # 2: Domain Controler de resguardo
Caso B:
Server # 1: Exchange Server - Hyper-V Host Virtualizando domain Controller Secundario
Server # 2: Domain Controler de Principal
Caso C: (No recomandable, el que intentas realizar)
Server # 1: Domain Controler Fisico / Exchange Server (Caos en Active Directory - Expones la seguridad)
Server # 2: Domain Controler de resguardo
Exitos.