Se puede hacer sin ningun problema. Lo que no se puede hacer es utilizar un chkdsk en un CSV por ejemplo, o defragmentar un disco differencial por dentro o una VM que contenga uno o varios snapshots. porque es peligroso, y consume muchos recursos y no maneja de la misma formq que un OS en un disco fisico, la estructura VMFS es diferente.
Ademas eso ya no es necesario con windows server 2012 por ejemplo y los VHDX que al apagar el equipo el espacio eliminado dentro de la VM reduce tambien el VHDX.
Saludos.