¿Qué controlador de dominio usas? Algunas políticas del AD de W.2003 server no casan con clientes de Windows 7 por lo que las políticas simplemento no tienen efecto.
El salto lógico es usar el AD de W.2008 server para que todas las políticas se apliquen correctamente a un Windows 7.
EDITADO: Perdona, no había entendido bien tu pregunta. Quizás tienes alguna política local que está chocando con las del AD. ¿Dónde tienes el tapiz coorporativo que quieres aplicar? Quizás en un NAS o lo copias localmente con un script a cada cliente .... Cuéntanos un poquito mas y seguro que te podemos ayudar.