Consulta, porque el .BAT tiene que estar en los clientes y no en una ruta centralizadamente en un server
\\Server\Ruta_Compartida\archivo.bat ?
Yo haria 2 cosas:
1) Setear por GPO:
User Configuration->Administrative Templates->Windows Components->Attachment Manager
double click en Inclusion list for low file types
click Enabled y agregar la ruta \\Server\Ruta_Compartida\archivo.bat" a la lista
click Apply.
2) Colocar este .BAT a nivel Computers de la GPO que esta aplicandoles en la seccion Scripts (Logon\Logoff) --> Logon:
\\Server\Ruta_Compartida\archivo.bat
y listo.
Prueba y luego me cuentas.