Yo por eso, creo una OU aparte llamada 'Deshabilitados'. Remarco que lo veo sumamente importante ya que si querés ver las propiedas de una carpeta o de algún archivo y el usuario está eliminado, vas a ver el SID huérfano y no vas a saber a quién pertenecía.
Mientras tanto, podrías realizar un backup del systemstate antes de realizar dicho proceso.
Saludos,