Hola Jairo,
Desde mi punto de vista, creo que lo mejor que puedes hacer es hacer una instalacion completamente nueva, ya que por lo general, no he sabido de buenas experiencias en migraciones de este tipo, peor aun cuando son "SBS", se nota que es bastante lo que hay que hacer, mejor es que inicien la instalacion de cero. Respecto a los motores de base de datos, definitavamente que es mucho mejor si los separas, ya que estos procesos ralentizan en gran forma el servidor.
Suerte.
Saludos,