Hola Alejandro, efectivamente la herramienta NEWSID fue retirada por Microsoft y las razones están explicadas en este documento.
En su reemplazo, se recomienda utilizar Sysprep.
Sysprep es una herramienta que podrás encontrar la siguiente hubicación:
En sistemas operativos posteriores a Windows XP: c:\Windows\System32\sysprep\sysprep.exe
Puedes seleccionar la opción de apagar la máquina y luego hacer el proceso de clonación, así cuando la máquina clonada levante, generará un nuevo SID.