Hola Ales,
Las políticas aplican de la siguiente manera:
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Se aplica la política local de la máquina
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Se aplican las políticas que hayan sido definidas a nivel de sitio de Active Directory
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Se aplican las políticas que se estén vinculadas a nivel del dominio
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Luego se aplican las políticas del OU principal donde se encuentra almacenado el usuario o equipo
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Luego se van aplicando las políticas de los OUs hijos de manera jerárquica.
Mira la siguiente imagen
Ten en cuenta que si varias políticas definen el mismo parámetro con diferentes valores, siempre ganará la última política en ser aplicada.
También ten en cuenta que los parámetros de las políticas que se van aplicando se van sumando y al final la máquina y el usuario reciben todos los parámetros.
También es importante anotar que las políticas se dividen en parámetros de usuarios y parámetros de máquina tal como se ve en la siguiente imagen.
Si tienes un usuario en un OU y le aplicas una política que modifica parámetros de máquina, no pasará nada porque la política solo aplica a máquinas y en el OU no existen máquinas.
En tu caso, verifica si los parámetros de la política están aplicados a las máquinas o a los usuarios y a qué OU se encuentran vinculados, para eso puedes usar la consola de administración de políticas
GPMC.msc.
También puedes utilizar
gpresult en la máquina del usuario para verificar qué políticas se están aplicando.
gpresult /r
Nos comentas cuál era el problema.