Los servidores virtualizados dentro del ESX los apagas normalmente desde windows, el modo mantenimiento es para otros usos como el volcado de servidores de un cluster a otro para actualizaciones de vmware etc ....
Eso si, al arrancarlos debe ser en su orden lógico según el servicio que estén prestando. Puedes configurar el vmware para dar prioridad al orden de arranque de tus servidores, esto es muy útil si dispones de muchísimos servidores y debes arrancarlos en un orden específico.