Buenas:
Cuando un server llega a esa magnitud de ejecucion de un virus, en mi lugar yo hago borron y cuenta nueva, por muchas vacunas, descontaminaciones que se hagan al final siempre queda alguna cacaraca por lo que la mejor opcion es formatear y hacerlo todo nuevo y cuando realices la nueva instalacion pon un antivirus que te proteja que puede ser Kaspersky, te digo puede haber otras soluciones pero al final, es mejor hacerlo todo nuevo.
Saludos, Fidelito , ojala resuelvas