Hola,
Nosotros hemos migrado a w2008r2 virtual a partir de w2003 fisico.
Creo que básicamente será lo mismo. Nosotros para hacer las cosas más fáciles, simplemente montamos todo de cero, creamos los usuarios de cero y los profiles.
Generalmente usamos un servidor de profiles aparte usando "roaming" y los servidores TS en broker (dos o más servidores en una granja).
La cantidad de usuarios por servidor que hemos "metido" ha sido de 40 usuarios en promedio por servidor. Cada servidor tiene 4 CPU´s y 16 gigas de ram. Claro está, depande de tu configuración y programas que installes en tu TS.
La estaciones para conectarse son: Think clients, PC's fuera del dominio, tabletas y celulares
El sistema de virtualización es Vmware 5.x.
Saludos.