Hola @Alejomar, si ya tienes tu zona pública hospedada en un proveedor externo, es posible que ya tengas redundancia en tu servicio de DNS y no sea necesario complicarse al tener otra copia en tu servidor, pero como sabemos incluso los servidores de DNS de Godaddy pueden dejar de funcionar.
Si de todas maneras quieres tener una copia de la zona en otro lugar, te recomiendo que uses los servicios de Route 53 de Amazon Web Services, es bastante económico y en pocos minutos tendrás tus DNS funcionando en una infraestructura muy estable.
Bueno, pero para responder tu pregunta, para tener la copia de DNS en tus servidores, debes configurar un servidor con el servicio de DNS Server (que no sea ninguno de tus controladores de dominio!!!).
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En godaddy activa las transferencias de zona desde tu dirección IP pública
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En tu firewall publicas el puerto 53 en UDP para que desde Internet pueda recibir consultas de clientes.
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Crea una zona DNS secundaria y dile que el servidor principal es el servidor de Godaddy
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Haz una transferencia de zona para verificar que todo esté funcionando bien.
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Configura en Godaddy tu servidor DNS como un tercer servidor de DNS.
Respecto a la seguridad, es importante que tengas un firewall de perímetro y solo publiques el puerto 53 en UDP y que el sistema operativo del servidor de DNS esté completamente actualizado.
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